محاکمه گالیله 
گالیله در دانشگاه پیزا استاد ستاره‌شناسی بود. او با مطالعات خود به نتیجه رسید که آنچه نیکلاس کوپرنیک به صورت تئوریک مطرح کرده بود، دال بر حرکت زمین به دور خورشید، حقیقت دارد. او به ویژه پس از انتقال به دانشگاه شهر پادوا، با شور و شوق بیشتری به دفاع از این دیدگاه پرداخت.
کلیسای کاتولیک به مرکزیت زمین معتقد بود، و به پیروی از متن "سفر آفرینش" تورات (عهد قدیم) قرن‌ها آموزش داده بود که خداوند نخست زمین را آفرید و سپس عرش و سماوات (خورشید و ستارگان) را پیرامون آن به حرکت در آورد.
ارباب کلیسا از گالیله خواستند از عقاید تازه دست بردارد و تنها نظریات مورد قبول کلیسا را آموزش دهد، اما گالیله به هشدار‌های ارباب کلیسا وقعی نگذاشت، تا آنکه رسما "برای ادای توضیحات" به رم احضار شد. محکمۀ تفتیش عقاید (انگیزاسیون) که به پرونده‌ی گالیله رسیدگی کرد او را کافر شناخت.
گالیله در برابر دادگاه متنی را قرائت کرد که برای تبرئۀ خود از پیش آماده کرده بود. او در برابر دادگاه چنین گفت:
«من، گالیله‌ئو گالیله‌ئی، فرزند وینچنزو، اهل فلورانس، در هفتادمین سال زندگی در مقابل شما به زانو درآمده ام و در حالی که کتاب مقدس را پیش چشم دارم و با دستهای خود لمس می کنم توبه می کنم و ادعای خالی از حقیقت حرکت زمین را انکار می کنم و آنرا منفور و مطرود می نمایم.
با هدایت عالیجنابان و طلب مغفرت از درگاه پروردگار آشکارا می‌گویم: این نظر که خورشید ثابت است و زمین به دور آن می‌چرخد، نظری سخیف و باطل است که هرگز نباید در جایی تدریس و اشاعه شود. من برائت ابدی خود را از این نظریه اعلام می‌کنم. حقیقت روشن این است که زمین مسطح و ثابت است، این خورشید و ستارگان هستند که پیوسته دور زمین می‌چرخند.
در برابر سروران گرامی و همه مسیحیان مایل هستم کمترین شائبۀ بی‌ایمانی را از خود دور کنم. با قلبی پاک و ایمانی استوار از چنین افکار کفرآمیز برائت می‌جویم. سوگند می‌خورم که نه به صورت کتبی و نه به شکل شفاهی کلمه‌ای بر خلاف کلام مقدس خداوند ادا نخواهم کرد.
در برابر شما اعلام می‌کنم که اینک به بطلان و نادرستی عقاید پیشین خود واقف شده‌ام و نور ایمان به قلبم تابیده است. اکنون هر حکم و جزایی که برایم تعیین شود با میل و رغبت خواهم پذیرفت.
در پایان متذکر می‌شوم که برای کسب اطمینان از صحت و دقت اعترافات خود، هر آنچه در اینجا گفتم را پیش از این با شعور و هشیاری کامل با خط خود روی کاغذ آورده‌ام، تا هیچ خللی در آن راه نیابد.
معروف است كه چون گاليله توبه كرده و از جا برخاست و بيرون رفت، كساني كه در آنجا بودند ديدند كه او با انگشت در روي زمين نوشته است : با اين همه زمين حركت مي كند.
گاليله 69ساله كه تجربه سوزانده شدن جيوردانوبرونو(يكي ديگرازطرفداران نظريه مركزيت خورشيد)راپيش چشم داشت درحال وهواي قهرمان نمايي نبود؛ولي بااين حال استغفاراجباري اوموجب شدتاشكاف روبه رشدميان دانش وكليسابيش ازپيش نموديابدوبعدهااين حادثه تاريخي به يكي ازگرامي داشته شده ترين نتايج تفتيش عقايدتبديل شد.به دنبال اين محاكمه كتاب اوتحت عنوان گفتگوهاتوقيف شد.گالیله به حبس ابد محکوم شد، اما به خاطر کهولت سن به او اجازه دادند که در خانه خود در حومۀ فلورانس محبوس بماند، تا در سال ۱۶۴۲ درگذشت. یعنی درست همان سالی که ایزاک نیوتن فیزیکدان انگلیسی به دنیا آمد، و بر پایه نظریات گالیله فیزیک مدرن را متحول کرد.
حکم دادگاه تفتیش عقاید گالیلئو گالیله در 1616
"به نام مقدس پاپ و تمام جمعیت حاضر در دفتر مقدس، گالیلئو گالیله محکوم می‌شود که این تفکر که خورشید مرکز جهان و ساکن است و اینکه زمین حرکت می‌کند را کاملا ترک کند و از این پس حق عقیده داشتن، تدریس یا دفاع از این تفکر به هر شیوه‌ای،اعم از کتبی و شفاهی، را ندارد." "از بین تمام ارتدادات نظریه‌ی محرک بودن زمین زشت‌ترین، زیان‌آور ترین، و مفتضح‌ترین است. ساکن بودن زمین واقعیتی شدیدا مقدس است. بحث علیه جاودانگی روح، وجود خدا و تسجم(اینکارناسیون) قابل تحمل تر از بحثی برای اثبات محرک بودن زمین است." ما اعلام می‌کنیم که شما، گالیله، به دلیل چیزهایی که در این محاکمه شرح داده شد و خود شما هم به آنها اعتراف کردید خود را به این دفتر مقدس تسلیم کرده‌اید. تسلیم و اعتراف به مظنونیت شدید به ارتداد، برای مثال اعلام و باور به دکترینی که غلط است و با متون مقدس و الهیات تناقص دارد: برای نمونه اینکه خورشید مرکز جهان است و از شرق به غرب حرکت نمی‌کند و اینکه کسی امکان باور به و دفاع از این عقیده را به عنوان یک احتمال دارد ، آن هم پس از اینکه توسط کلیسا اعلام شده که با متون مقدس متناقض تشخیص داده شده است. در نتیجه شما قوانین بازرسی و مجازاتی که توسط مصوبات مقدس تعیین شده و قوانین عمومی علیه چنین تخلفاتی را زیرپا گذاشته‌اید.
ما شما را عفو خواهیم کرد با توجه به اینکه ابتدا شما با قلبی خالص و ایمانی واقعی در حضور ما سوگند بخورید و از اشتباهات و کفرهای خود و هر اشتباه و کفری متناقض با کلیسای کاتولیک و آپاستولیک(وابسته به پاپ) به شیوه و طریقی که ما تجویز خواهیم کرد ابراز پشیمانی و نفرت کنید. علاوه بر آن،برای اینکه این اشتباه دردناک و مهلک دیگر تکرار نشود و تخلف شما نیز کاملا بی مجازات نماند و شما در آینده بیشتر مواظب باشید و در ضمن برای مثالی برای همگان که از چنین تخلفاتی دوری کنند ما اعلام می‌کنیم که کتاب "مناظره" اثر گالیلئو گالیله با فرمانی عمومی ممنوع اعلام شود.
ما شما را محکوم به تحمل حبس تشریفاتی (برای ارضای ما) در این دفتر مقدس می‌کنیم. از آن‌جایی که توبه و طلب مغفرت ضروری است ما شما را محکوم به خواندن یک بار در هفته‌ی "هفت سرود توبه" ُدر سه سال پیش رو می‌کنیم. در ضمن ما اختیار اداره، اجرا و یا تعلیق همه یا بخشی از مجازات‌های ذکر شده را برای خود محفوظ نگه می‌داریم. بدین وسیله یا به هر مضمون و صورت دیگری که بعدا به فکر ما برسد.
شکنجه وسبوعیت کلیسا در دوران انگیزاسیون
پرونده گاليله ازجهاتي به ديگرپرونده هاي متداول ارتدادشباهت داشت چراكه اغلب ازدين برگشتگان كارشان به عمليات تفتيش عقايدنوع سوم نمي رسيدواكثرآنان ترجيح مي دادندكه باابرازندامت سريع همچون نادمان باآنان رفتارشودولي كساني كه مصمم به ايستادگي دربرابركليساي رم بودندنتايج وخيمي راپذيرامي شدندگازاانبرهاي سرخ شده برآتش، قيف هاي غول آسا،صندلي ميخ دار…
درمدت زماني حدودچهارصدسال (ازقرن چهاردهم تاقرن هيجدهم ميلادي )كليساي كاتوليك دراستفاده ازابزارآلات شكنجه سنگ تمام گذاشت وحتي براي ماموران تفتيش عقايدخوديك كتاب راهنماي دستي تهيه كرده بودكه دران چگونگي كشف انحراف عقيدتي درپس نمودهاي ظاهري غلط انداز؛نحوه بكارگيري جاسوسان والبته روشهاي شكنجه مظنونان شرح داده شده بود.امروزه درآستانه هزاره سوم ميلادي پاپ اعظم اعلام مي كندكه ((زمان پوزش براي ارتكاب خشونت به نام ايمان فرارسيده است )).
نظارت كشيش ها برشكنجه زنداني
واين سبوعيت بي حساب وكتاب نبود.كليساقانون خودراباتعصب اداري اعمال مي كرد.براي مثال نسخه سال 1376ميلادي ازكتاب راهنماي تفتيشگران نوشته نيكولاس ايمريش مويدتوجهي باورنكردني نسبت به جزئيات وفاداري دقيق تفتيشگران نسبت به فرآيندهاي قانوني مربوطورجوع به شكنجه تنهابه عنوان آخرين چاره مي باشد.ماموران تفتيش عقايدمتعلق به فرقه هاي دومينيكي وفرانسيسي بودندوانتصاب انهاتوسط شخص پاپ صورت مي گرفت .تفتيشگرمعمولامردي بوددرسنين چهل سالگي تحصيلكرده الهيات متخصص قوانين مذهبي وسخنوري كاركشته اورابدين منظوربه قلمرواسقف نشين هامي فرستادندتامعاونت شخص اسقف درامرجستجووكشف مواردانحراف ازتعاليم كليساي كاتوليك رابرعهده بگيرد.اوهمراه باافرادمختلفي واردمنطقه اسقف نشين مي شدازجمله يك دفترداررسمي براي ثبت ونگارش ماوقع يك امدادگرپزشكي (زيراهدف ازاعمال شكنجه به هيچ وجه كشتن قرباني نبود)ومتخصصان علم الهيات به منظوركسب اطمينان ازاين كه متهم واقعااقراركرده وبراي مخفي نگه داشتن ارتدتدخودبه شيطنت هاي منطقي متوسل نگرديده است همچنين يك محافظ مسلح، زيرا تفتيشگران ازمحبوبيت چنداني برخوردارنبودند.
مامورتفتيش عقايدكه دريك خانه اربابي اجاره اي سكونت مي گزيديامستقيمابه قصراسقف منطقه مي رفت .درحضورتمامي افرادساكن درمحل ودركليساي جامع آن مراسم مذهبي رااجرامي كرد.سخنراني اودرعمل شامل اخطاردرخواست ازمردم براي لودادن هركسي كه به پندارآنان دچارانحراف ارتدادشده است واعلام اين مطلب بودكه تمام ازدين برگشتگاني كه ظرف مدت يك ماه خودرامعرفي مي كنندمشمول عفووبخشش قرارخواهندگرفت . براي آنكه اتهام مرتدشدن راازخوددوركني .براي كساني كه درمقابل مامورتفتيش عقايدسرتسليم فرودنمي آورندچاره اي جزسپرده شدن به زندانهاي طويل المدت ياشكنجه باقي نمي مانداين روشهاكه درقرن وسطا كمترمورداستفاده قرارمي گرفتنددرقرن چهردهم ميلادي به عرف تبديل شدند.
دركتاب راهنمايي به نام ((چكش جادوگران ))كه درسال 486ميلادي توسط يك مامورتفتيش آلماني نگارش يافت زندانبابان ابزارشگنجه رااماده مي كردندوزنداني باتسمه بسته مي شدسپس مامورتفتيش اورابه اعتراف آزادانه حقيقيت تشويق مي كرداگراين تشويق به شكست مي انجاميدجلادان معمولاجلسه رابااستراپادوآغازمي كردنداستراپادووسيله اي بودكه درسال 1497ميلادي براي شكنجه جيرولاموساوورولا:استفاده شد.ساوونارولابابي پروايي عليه فسادوبي بندوباري بيش ازحدپاپ الكساندرچهارم سخن رانده بود.دستهاي اوراازپشت بستنددرحالي كه وزنه هابه پاهاي اوآويخته بودوي راباطنابي كه به مچ دستهايش بسته بودچندمترفروافكندند.طول طناب كوتاه ترازمسيرسقوط بودودرنتيجه متهم پيش ازبرخوردبازمين درميان راه باضربه اي سنگين متوقف مي شد.اين كار14بارتكرارمي شدوسپس اورادرپايان به جرم گستاخي به تيركي بسته ودرآتش سوزاندند.پس ازبازكردن زنداني ازاستراپادوبارديگرازاومي خواستندتااعتراف كنداگراين درخواست هم بي جواب مي ماندوتهديدات بعدي نيزسودمندنمي افتادمتهم رادوباره به شمنجه مي سپردندطبق مندرجات كاب چكش جادوگران اين شكنجه براساس روشهاي پذيرفته وباشدتي كم وبيش متناسب باجرم انجام مي گرفت طي جلسه شكنجه ازمتهم مي خواستندتااعتراف كند.درتمام اين مدت دفترداررسمي همه كلماتي راكه متهم يامتهمه برزبان مي اورد يادداشت مي كردوبعدابراي اطمينان ازاينكه قرباني بدبخت دراقدام به اعتراف جديت داشته است لازم بودكه آنان تاييدكنندكه اين اعتراف به زورشكنجه گرفته نشده اند.كساني كه دربرابراين روشها تاب مي آوردندوهمچنان پافشاري مي كردندتقريباهرروزشكنجه مي شدندوهرباربه آنان قول داده مي شدكه درصورت اعتراف جانشان نجات خواهديافت .اگربازهم متهم به راه نمي آمداورابه ديركي مي بستندوزنده درآتش مي سوزاندند.كساني كه تحت شكنجه زبان به اعتراف مي گشودند(همانندگاليله )بايددرحضورجمع گناه خودرامي پذيرفتندوازايشان خواسته مي شدتامجداايمان بياورند.گرچه امروزاين بنيادگرايي مسيحي بدورازواقعيت مي نمايدولي تفتيش عقايدقرن نوزدهم به كارخودادامه داد.بااين حال نتوانست به عصراستدلال ودوران روحيه جستجوگركه گاليله به پيدايش آن كمك كرده بودراه يابد.انقلاب سكولارفرانسه آخرين ميخي بودكه برتابوت كهنه شكنجه كوبيده شددادگاه تفتيش عقايداسپانيانيزدرسال 1834رسمامنحل گرديد.درسالهاي دهه 1980ميلادي كليساي كاتوليك رم اعتقادات گاليله رادرباره مركزيت خورشيدپذيرفت وبدين ترتيب آخرين پيروزي دانشمندبزرگ جهان علم درمبارزه جمودوخرافه پرستي كليسامحقق گشت .
گفتني است كه ماجراي نفرت انگيز، انگيزيسيون، چند قرن پياپي ادامه داشت و اروپاي مسيحي را به كشتار گاهي تبديل كرد كه خلايق را گروه گروه به شكنجه گاه ها و سياهچال ها و شعله هاي آتش و چوبه هاي دار مي سپرد. چراكه پاپ اعظم در مورد مشروعيت اينهمه جنايات هولناك از جانب عيساي مسيح فتواي شرعي صادر كرده بود . جلوه ديگري كه شايد عيساي مسيح از آن بي خبر بود ولي به نام او و سبب رضا و خشنودي خدا انجام مي گرفت . تنها در دادگاه تفتيش عقايد اسپانيا طبق آمار كليسا 31912 تن زنده در آتش سوزانيده شدند . گاليله (1642 - 1564م ) رياضي دان و فيزيكدان ايتاليايي كه اختر شناس بنامي نيز بود و مخترع يكي از اولين دوربين هاي نجومي، ناگزير شد در هفتاد سالگي در برابر قضات و داوران انگيزيسيون زانو به زمين بزند، دست بر كتاب مقدس انجيل بگذارد و قسم بخورد كه از عقيده كفر آميز خود صرف نظر و توبه كند. گاليله در 36 سالگي يعني در سال 1600 شاهد به آتش كشيده شدن برونو بود. شايد همين تجربه موجب شد كه توبه كند و از انديشه هاي خود دست بردارد. گاليله اظهار داشته بود كه زمين ساكن نيست و به دور خورشيد مي چرخد، نه خورشيد به دور زمين.
ابزارهاي شكنجه دردوران انگيزيسيون
گالیله تا دم مرگ بر اعتقاد خویش پای برجا ماند او به طور پنهانی به آزمایش‌های تجربی خود ادامه داد و پیش از آنکه در سال 1642 در آستری در حومه فلورانس دار فانی را وداع گوید دو کتاب ارزشمند دیگر را نیز به رشته تحریر درآورد آثار او نخست در سال 1835 از سوی کلیسای کاتولیک از لیست سیاه،(لیست کتابهای ممنوعه) خارج شد و اجازه انتشار یافت . گالیله را شاید بتوان معروف‌ترین و مهم‌ترین چهره‌ی علمی عصر رنسانس دانست. گالیله شهرت خود را نه تنها بخاطر کشفیات علمی‌اش که بخاطر جدال‌اش با کلیسای کاتولیک و تاثیری که بر تئولوژی و خداشناسی گذاشت کسب کرده است. او را بیش از هر چیز با حمایت‌اش از تئوری کوپرنیک مبنی بر اینکه زمین به دور خورشید می‌چرخد می‌شناسند. نزدیک چهار قرن بعد پاپ ژان پل دوم در سال ۱۹۹۲ رسوایی محاکمه گالیله را "سوءتفاهمی دردناک" در تاریخ مسیحیت دانست که از تقابل دانایی و ایمان زاده شده بود. در فوریه ۲۰۰۹ واتیکان مراسمی رسمی برای بزرگداشت گالیله برگزار کرد.
